MoESTning asosiy maqsadlari mamlakatning ekologik jihatdan barqaror iqtisodiy rivojlanishiga ko'maklashish, tabiiy va madaniy atrof-muhitni rivojlantirish, hayotni ta'minlash tizimlarini himoya qilish, atrof-muhit, fan va texnologiya sohasidagi tadqiqot faoliyatini rivojlantirish va rag'batlantirish orqali yangi texnologiyalarni aniqlash, tadqiqotlar orqali mos va yangi texnologiyalarni ishlab chiqish orqali qashshoqlikni kamaytirish bilan bog'liq milliy maqsadlarga erishishga hissa qo'shish, an'anaviy mahalliy texnologiyalarni rivojlantirish va targ'ib qilish hamda tegishli imkoniyatlar yaratish orqali atrof-muhit, fan va texnologiya sohasida ishlaydigan intellektual guruhlarni rag'batlantirishdan iborat.